怀孕40天药物流产一般需要7~14天左右流干净，但也存在个体差异。
药物流产的流程
药物流产一般是服用米非司酮和米索前列醇两种药物。先服用米非司酮，它可以使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化；然后服用米索前列醇，促进子宫收缩，促使胚胎排出。
影响流干净时间的因素
个人体质方面
年龄差异：年轻、身体素质较好的女性，子宫收缩力相对较强，可能流干净的时间会短一些，大概7~10天；而年龄偏大、体质较弱的女性，子宫恢复及收缩能力相对差些，流干净可能需要10~14天甚至更长时间。子宫状况：本身子宫形态正常、没有子宫肌瘤等影响子宫收缩的疾病的女性，药物流产后流干净的几率相对高，时间也可能短；如果子宫有畸形或者存在子宫肌瘤等情况，可能会影响胚胎组织的排出，导致流干净的时间延长。
胚胎情况方面
胚胎大小：怀孕40天左右，正常大小的胚胎相对容易随着子宫收缩排出，流干净时间可能较短；如果胚胎发育偏大，相对于子宫来说，排出时可能会受到一定阻碍，流干净的时间可能会延长。胚胎着床位置：正常胚胎着床在子宫腔内，如果着床位置不太正常，比如靠近子宫角等部位，药物流产时胚胎组织排出可能不太顺利，也会影响流干净的时间，有可能需要更长时间才能完全排净。
流干净后的注意事项
药物流产后即使看似流干净了，也需要在流产后1~2周去医院复查B超，确认子宫恢复情况以及宫腔内是否有残留。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，加强营养，保持外阴清洁卫生，一个月内禁止性生活，防止感染等情况发生。如果在药物流产后出现阴道流血量多、腹痛加剧等异常情况，要及时就医。