怀孕40天吃药进行药物流产，多数情况能流干净，少数情况会出现流产不全。具体如下：
一、怀孕49天内，若孕妇存在胎儿发育畸形、染色体异常等需终止妊娠的情况，可选择药物流产。此时孕妇可遵医嘱服用米非司酮片、米索前列醇片等药物，这些药物能促使子宫收缩，从而将体内胚胎排出体外。在大多数情况下，药物流产能够将体内胚胎完全排干净。
1.米非司酮片：是一种孕激素拮抗剂，能使子宫内膜与胚胎的联系变得松散。
2.米索前列醇片：可引起子宫强烈收缩，帮助胚胎排出。
二、但少数情况下，部分孕妇可能出现药物流产不全的现象，这就需要及时进行清宫术，避免胚胎组织在体内滞留时间过长，以免对孕妇身体产生不良影响。
(1)药物流产不全可能导致持续出血、腹痛等症状。
(2)清宫术能清除残留的胚胎组织，减少并发症的发生。
总之，怀孕40天进行药物流产有一定成功率，但也存在流产不全的风险，要密切关注身体变化，如有异常需及时处理。