月经干净三天后同房是否会怀孕不能确定，需依具体情况分析。
一、会怀孕的情况：如果平时月经周期较短，同时月经持续时间较长，那么可能在月经干净三天时就已进入排卵期，此时同房若未采取有效避孕措施，则有怀孕可能。比如有些女性月经周期可能只有20多天，而月经持续7天或更长，那么月经结束后很快就可能排卵，在这种情况下，即便月经刚干净三天，无避孕措施的同房也容易受孕。
二、不会怀孕的情况：要是平时月经周期较为规律，基本是一个月左右一次，且月经持续时间在一周以内，那么月经干净三天时通常还未进入排卵期，所以怀孕的可能性较小。此外，如果同房时采取了有效的避孕措施，就算是在排卵期同房，怀孕几率也不大。比如月经周期30天左右，月经持续5天左右的女性，月经干净三天后距离排卵还有一段时间，一般不会怀孕；而采取了如正确使用避孕套、服用短效避孕药等避孕方法，也能大大降低怀孕的风险。
总之，月经干净三天后同房是否怀孕存在不确定性，要综合考虑月经周期、月经持续时间以及是否采取避孕措施等因素。