月经干净三天同房是否会怀孕不能确定，需依据具体情况分析。
一、会怀孕。
1.若平时月经周期较短，且月经持续时间较长，那么在月经干净三天时可能已进入排卵期。
(1)此时同房若未采取有效避孕措施，就有怀孕的可能。
二、不会怀孕。
1.若平时月经周期较规律，基本为一个月左右一次，且月经持续时间在一周内，那么月经干净三天时尚未进入排卵期。
(1)所以怀孕可能性较小。
2.若同房时采取了有效避孕措施，即便在排卵期同房，怀孕几率也不大。
总之，月经干净三天后同房的怀孕情况因人而异，需要综合考虑月经周期、持续时间以及避孕措施等因素。