小孩矮小病的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，小孩遗传矮小的概率相对较高。另外，内分泌疾病也是重要因素，比如生长激素缺乏症，约有30%的矮小患儿是因生长激素分泌不足导致，这种情况可通过检测生长激素水平来判断。
遗传因素导致
遗传基因决定：小孩的身高有一定的遗传倾向，如果父母双方或者一方身材矮小，那么小孩发生矮小的几率会比正常家庭出生的孩子高。比如父母身高都较矮，小孩遗传矮小的可能性能达到一定比例，这是由基因里的身高相关基因所决定的。家族身高模式影响：有些家族存在特定的身高模式，比如隔代遗传等情况，也会使小孩出现矮小的情况，这是家族遗传基因传递的结果。
内分泌疾病引发
生长激素缺乏症：垂体分泌生长激素不足会影响小孩的生长发育。正常情况下，生长激素能促进骨骼、肌肉等组织生长。当生长激素缺乏时，小孩的身高增长会明显缓慢。通过医学检查，可发现血液中生长激素水平低于正常范围。甲状腺功能减退：甲状腺分泌的甲状腺激素对小孩的生长和发育至关重要。如果小孩甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，会导致新陈代谢减慢，生长发育迟缓，出现身材矮小、智力发育可能也受影响等情况。
营养因素所致
营养不良：长期的营养不良会影响小孩的身高发育。比如饮食中蛋白质、能量、维生素及矿物质摄入不足，会阻碍骨骼的生长。像一些贫困地区或喂养不当的家庭，小孩容易出现因营养不良导致的矮小，长期缺乏优质蛋白质会使身体缺乏生长的物质基础。营养不均衡：饮食中各种营养成分搭配不合理，比如钙、磷等矿物质摄入不足，会影响骨骼的钙化，从而影响身高增长。小孩如果挑食、偏食，只爱吃零食不爱吃富含营养的食物，就容易造成营养不均衡，进而影响身高。
疾病与慢性消耗性因素
慢性疾病影响：一些慢性疾病，如先天性心脏病、慢性肾病等，会影响小孩的生长发育。例如慢性肾病患儿，由于肾脏功能受损，体内代谢紊乱，会导致生长激素分泌和作用异常，影响身高增长。内分泌代谢性疾病：除了生长激素缺乏症和甲状腺功能减退外，还有其他内分泌代谢性疾病也可能导致矮小。比如先天性肾上腺皮质增生症，会影响激素的正常分泌，干扰生长发育过程，使小孩身高增长受到阻碍。