小孩矮小的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，小孩遗传矮小的概率相对较高，据统计，约30%的矮小儿童是由遗传因素导致。
一、疾病因素
内分泌疾病： 生长激素缺乏症是较为常见的导致小孩矮小的内分泌问题。垂体分泌生长激素不足，会影响骨骼的生长和发育。甲状腺功能减退也会引起矮小，甲状腺激素对小孩的生长发育，包括骨骼、神经系统等的发育至关重要，甲状腺功能减退时，小孩代谢减慢，生长迟缓。染色体异常： 如特纳综合征，主要发生在女孩身上，染色体存在异常，会导致身高明显低于正常同龄人，同时还可能伴有其他身体特征的异常，如颈部皮肤蹼状等。
二、营养因素
营养摄入不足： 如果小孩长期饮食不均衡，蛋白质、能量、维生素及矿物质等摄入不足，会影响生长发育。例如，蛋白质是身体生长的重要物质基础，长期缺乏会导致生长迟缓。一般3岁以下小孩每天需要保证足够的优质蛋白质摄入，像蛋类、奶类、肉类等。营养过剩： 部分小孩过度肥胖也可能影响身高增长，肥胖可能会导致内分泌紊乱，影响生长激素的分泌和作用，从而阻碍身高发育。
三、睡眠因素
睡眠不足： 小孩生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，特别是深度睡眠时分泌量更多。如果小孩长期睡眠不足，比如3 - 12岁儿童每天应保证10 - 14小时的睡眠时间，睡眠不足会影响生长激素的分泌，进而影响身高增长。