肝上出现囊肿的原因有多种。其中先天性因素较为常见，这是由于胚胎发育过程中胆管异常导致的，这种情况在人群中的发生率约为1% - 2%。另外，创伤也是一个因素，肝脏受到外力撞击等创伤后，局部组织修复过程中可能形成囊肿。还有寄生虫感染，比如肝包虫病，是因为感染了棘球绦虫的幼虫，幼虫在肝脏内生长形成囊肿。
一、先天性因素相关情况
胚胎发育异常导致： 在胚胎发育时期，胆管的发育出现异常，使得胆管局部扩张，逐渐形成囊肿。这种先天性的胆管发育问题是比较常见的引发肝囊肿的原因，而且往往是在体检等情况中被发现，平时可能没有明显症状。
二、创伤因素影响
外力撞击后形成： 当肝脏受到外力撞击，像车祸导致腹部受撞击、高处坠落等情况，肝脏组织受到损伤后，在修复过程中，局部组织可能会形成包裹性的积液，进而发展成为囊肿。一般有明确的外伤史的患者，在受伤后的检查中可能会发现肝囊肿与创伤有关。
三、寄生虫感染方面
肝包虫病引起： 人如果接触到了含有棘球绦虫虫卵的食物或环境，虫卵进入人体后，幼虫会随着血液循环到达肝脏，在肝脏内寄生生长，逐渐形成肝包虫囊肿。这种情况在畜牧地区相对较为常见，因为这些地区接触到寄生虫感染源的机会更多。比如在一些以畜牧业为主的地区，人们接触到受感染动物的几率较高，就容易感染肝包虫病从而形成肝囊肿。