肝脏上出现小囊肿比较常见，据统计，成年人通过超声检查发现肝脏小囊肿的比例能达到10%左右。肝脏小囊肿形成的原因主要有以下几方面。
先天性因素导致
胚胎发育异常： 在胚胎发育时期，胆管系统发育出现异常，就可能形成先天性的小囊肿。这种情况是胚胎时期的发育问题，从胎儿阶段就埋下了隐患，但很多人可能在成年后通过体检才发现。遗传因素影响： 如果家族中有肝脏囊肿的遗传倾向，那么后代出现肝脏小囊肿的概率会相对高一些。有研究发现，某些遗传基因的突变可能与肝脏囊肿的形成相关。
寄生虫感染引发
肝包虫病： 比如细粒棘球绦虫感染，虫卵进入人体后，经过血液循环到达肝脏，逐渐发育成包虫囊肿，这也是肝脏出现小囊肿的一个原因。在畜牧地区，这种因寄生虫感染导致肝脏小囊肿的情况相对多见。血吸虫感染： 虽然血吸虫主要影响肠道等部位，但在严重感染且没有得到有效控制时，也可能累及肝脏，引起肝脏组织的一些病变，其中就包括形成类似小囊肿的改变。
创伤性因素造成
肝脏外伤后： 当肝脏受到外力撞击等创伤后，肝脏组织出现血肿，之后血肿机化、吸收过程中可能形成囊性的结构，表现为肝脏小囊肿。例如，有过车祸导致肝脏轻微挫伤的患者，后续复查可能发现肝脏出现小囊肿。医源性创伤： 在一些肝脏的穿刺活检等医疗操作过程中，如果操作不当，也可能导致肝脏组织出现小的损伤，进而形成囊肿样改变。不过这种医源性导致的肝脏小囊肿相对较少见。