肛门里面隐隐痛可能由多种原因引起，比如常见的痔疮，Ⅲ度内痔脱出嵌顿，可导致肛门部持续疼痛，一般会伴有便血等表现。
痔疮导致的肛门隐痛
内痔： 早期内痔一般症状不明显，发展到一定程度，内痔脱出后若不能回纳，就会引起肛门里面隐隐痛，还可能伴有便血，血色鲜红，多在排便后点滴而出。外痔： 炎性外痔会导致肛门边缘隆起的肿物，有疼痛、肿胀、发红等症状，也会让肛门里面有隐隐痛感，尤其在行走、坐下时更明显。
肛周脓肿引发的肛门隐痛
低位肛周脓肿： 主要表现为肛门持续胀痛，逐渐加重，病变处有明显红肿，有硬结和压痛。高位肛周脓肿： 全身症状相对较重，如发热、寒战等，肛门里面隐隐痛的同时，可能伴有会阴部坠胀感。
肛裂造成的肛门隐痛
新鲜肛裂： 排便时会有剧烈疼痛，过后肛门里面仍可能有隐隐痛，同时伴有便血，血量较少。陈旧性肛裂： 除了肛门里面隐隐痛外，还会有肛门括约肌痉挛，导致周期性疼痛，排便后疼痛缓解，但不久又会再次疼痛。
肠道炎症导致的肛门隐痛
溃疡性结肠炎： 除了有腹泻、黏液脓血便等症状外，还可能出现肛门里面隐隐痛，疼痛程度一般不一，有的呈隐痛、胀痛，有的则为绞痛。直肠炎： 患者会有直肠部位的坠胀感、隐痛，还可能出现排便次数增多、里急后重等表现，粪便中可能带有黏液或血液。