肛门隐隐作痛，往往与痔疮、肛门神经官能症、肛周脓肿等疾病相关。
一、痔疮：无论是内痔、混合痔还是外痔，都有可能引发肛门隐隐作痛的情况，同时还可能伴有大便干结、难以排出、肛门出血等现象。如果对肛门组织反复刺激，会致使局部呈现水肿状态。倘若当前查出的痔疮较为严重，出现痔核脱出的情况，就需要及时进行手术切除。
二、肛门神经官能症：这是一种发生在肛门直肠周围的神经官能症，主要症状表现为肛门隐隐作痛、肛门有异物感等。确诊后需要通过口服镇静剂来调节情绪，必要时也可口服维生素B1来调节神经。
三、肛周脓肿：通常和肛腺阻塞、感染有关，当炎症持续反复刺激局部，就会形成脓肿，进而表现为肛门隐隐作痛以及肛周肿胀。此时应尽快进行切开引流，同时还要积极治疗原发病。
当出现肛门隐隐作痛时，一定要注意局部卫生，坚持用温水进行清洗，以防止细菌从此处侵入。
总之，当肛门出现隐隐作痛时要引起重视，及时查找原因，并根据具体病因采取相应的治疗措施，同时做好肛门处的清洁护理。