肛门里面长了一个肉疙瘩很疼，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔可脱出肛门外，形成肉疙瘩，伴有疼痛。此外，长期腹泻、便秘等也可导致痔疮发作。
2.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开后形成的小溃疡，可引起肛门疼痛、便血和肛门肉疙瘩。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，可表现为肛门周围疼痛、肿胀、发热等症状。
4.直肠息肉：直肠黏膜表面突出的赘生物，可无明显症状，也可表现为便血、脱垂、腹痛等。
5.肛管直肠癌：肛管或直肠内的恶性肿瘤，可导致肛门疼痛、肿块、便血等症状。
针对这种情况，建议及时就医，进行详细的检查，如肛门指诊、肛门镜等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。在就医前，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，避免久坐、久蹲等。