新型肺炎部分患者可能会有后遗症。有研究显示，约10%-30%的新冠康复者在患病后的3个月内仍存在至少一种后遗症。
肺部相关后遗症
肺功能下降： 部分患者康复后会出现肺功能减退，比如用力肺活量、一秒用力呼气容积等指标较患病前有所降低。在胸部CT上可能还能看到肺部纤维条索影等改变，影响肺部的正常通气和换气功能。呼吸困难： 一些重症患者康复后仍会有不同程度的呼吸困难，活动耐力明显下降，稍微活动就会感觉气促。
心血管系统后遗症
心悸胸闷： 部分患者康复后会出现心悸、胸闷的症状，心电图检查可能发现心律失常等情况，影响心脏的正常节律和供血功能。心肌损伤： 有研究发现，新冠病毒可能对心肌造成一定损伤，康复者心肌酶谱可能会有异常，长期来看可能影响心脏的收缩和舒张功能。
神经系统后遗症
记忆力减退： 不少康复者反映存在记忆力下降的情况，表现为对近期发生的事情容易遗忘，注意力难以集中。头痛头晕： 部分患者会有头痛、头晕的症状，可能与病毒对神经系统的影响以及患病期间身体的应激状态有关，这种头痛头晕可能会持续较长时间。
其他系统后遗症
疲劳乏力： 很多康复者会长期感到疲劳乏力，即使经过充分休息也难以缓解，严重影响日常生活和工作。嗅觉味觉减退： 部分患者康复后会出现嗅觉和味觉减退或丧失的情况，这可能与病毒损伤了嗅神经和味觉神经有关，而且这种嗅觉味觉异常有时恢复较慢。