皮肤扁平尤主要通过药物治疗、物理治疗等方法来改善，一般可以采用外用药物等方式，部分患者可能需要数周甚至数月的治疗时间。
外用药物治疗
维A酸类药物： 像维A酸乳膏就可以使用，它能调节表皮细胞的分化，对扁平尤有一定的治疗作用，但使用时要注意避免接触正常皮肤，而且可能会有局部刺激症状，如轻微的红肿、脱屑等。氟尿嘧啶软膏： 具有一定的抗病毒作用，可用于扁平尤的治疗，不过使用过程中要观察局部皮肤反应，如果出现明显的炎症、疼痛等不适要及时停药。
物理治疗方法
冷冻治疗： 是利用低温使扁平尤组织坏死脱落。一般一次冷冻可能不能完全去除，可能需要多次治疗。治疗后局部会出现水疱、结痂，要注意保持局部清洁，避免感染，结痂后让其自然脱落，不要强行撕扯。激光治疗： 利用激光的能量破坏扁平尤组织。治疗时会有一定的灼热感，术后要注意创面护理，防止感染，而且激光治疗后可能会有短暂的色素沉着，一般会随着时间逐渐消退。
系统药物治疗
免疫调节剂： 对于一些病情顽固、反复发作的患者可能会使用免疫调节剂，如转移因子口服液等，它可以调节机体的免疫功能，帮助清除病毒，但使用免疫调节剂时要在医生的指导下进行，因为它可能会有一些副作用，比如可能会引起免疫系统的一些异常反应等。不过这类药物一般不优先用于儿童患者，儿童使用需谨慎评估。