总是口腔溃疡可能由多种原因引起。一般来说，复发性阿弗他溃疡的人群中，约10% - 25%有阳性家族史，即遗传因素可能是原因之一。
局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 如果口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如有尖锐残根的患者，溃疡往往出现在残根对应的黏膜部位，而且长时间不愈合。咬伤口腔黏膜： 有些人吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，若没有及时处理，也可能发展成口腔溃疡。这种情况常见于吃饭速度快、咀嚼不细致的人群。
全身因素影响
维生素和微量元素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸以及铁、锌等微量元素时，容易出现口腔溃疡。例如长期偏食、节食的人，很可能因为营养摄入不均衡导致这些营养素缺乏。一般来说，青少年和孕妇相对更容易出现这类缺乏情况，因为他们对营养素的需求量大。免疫系统异常： 自身免疫系统出现问题时，也会频繁长口腔溃疡。比如患有白塞病的患者，除了口腔溃疡，还会有眼部病变、生殖器溃疡等症状。另外，免疫力低下的人群，像患有艾滋病、肿瘤放化疗后的患者，也容易反复长口腔溃疡。
其他因素
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力大等精神因素也可能诱发口腔溃疡。比如学生考试前、工作压力大的人群，口腔溃疡的发生率会相对高一些。长期熬夜、睡眠不足的人，身体处于疲劳状态，也容易出现口腔溃疡，因为睡眠不足会影响身体的正常代谢和免疫功能。内分泌变化： 女性在月经前后，体内激素水平发生变化，容易出现口腔溃疡。还有一些女性在妊娠期也可能出现口腔溃疡，这与孕期内分泌改变有关。