自然流产的原因有多种。据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
染色体因素
胚胎染色体异常： 无论是父母双方遗传来的染色体异常，还是胚胎在发育过程中自身出现的染色体突变，都可能导致自然流产。这种情况在怀孕早期较为常见，大约占早期自然流产的一半以上。比如，父母一方如果存在平衡易位等染色体结构异常，就有可能传递给胚胎，引发流产。母体染色体异常： 母体自身的染色体如果存在异常，也可能影响胚胎的正常发育从而导致流产。不过相对胚胎染色体异常来说，母体染色体异常导致自然流产的比例相对较低。
母体全身性疾病
感染因素： 孕期如果发生某些感染，如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等感染，可能会影响胚胎的正常生长，进而引起自然流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿发生流产、死胎或先天性畸形的风险会明显增加。内分泌异常： 如黄体功能不全，女性黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不足，孕酮分泌量不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致流产。另外，甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳等内分泌问题，也可能影响妊娠，增加自然流产的几率。
生殖器官异常
子宫解剖结构异常： 像子宫畸形，如双角子宫、纵隔子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间，增加流产风险。还有子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎着床，导致流产发生。宫颈机能不全： 多见于多次中晚期流产的女性。宫颈机能不全的孕妇在妊娠中期，宫颈无法维持正常的张力，容易出现宫颈扩张，最终导致流产。
免疫因素
自身免疫性疾病： 患有系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病的孕妇，体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，影响胚胎的正常发育，从而引发自然流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受异常，导致母体免疫系统攻击胚胎，也会造成自然流产。比如封闭抗体缺乏等情况，就可能属于同种免疫异常范畴。