干燥综合征的发病原因目前尚未完全明确，可能与遗传、免疫、病毒感染等多种因素有关。研究发现，遗传因素在其中起到一定作用，比如某些基因的突变可能会增加患干燥综合征的风险，有家族史的人群患病几率比无家族史人群高一些。
遗传因素影响
基因关联： 一些特定的基因位点与干燥综合征的发病相关。例如，人类白细胞抗原（HLA）基因复合体中的某些等位基因，如HLA - DR3、HLA - DR4等，在干燥综合征患者中的携带频率高于正常人群。这表明遗传易感性在干燥综合征的发生中占据一定地位，携带相关易感基因的人相对更容易患上该疾病。
免疫因素作用
自身免疫紊乱： 人体的免疫系统出现异常时容易引发干燥综合征。正常情况下，免疫系统能够识别和清除外来病原体等异物，但在干燥综合征患者体内，免疫系统错误地攻击自身的外分泌腺体，如唾液腺和泪腺等。自身抗体的产生是免疫紊乱的重要表现，例如抗SSA抗体、抗SSB抗体等自身抗体在干燥综合征患者血清中的阳性率较高，这些自身抗体参与了对腺体的损伤过程，导致唾液腺和泪腺分泌减少，出现口干、眼干等典型症状。
病毒感染诱因
病毒感染影响： 某些病毒感染可能是引发干燥综合征的诱因之一。例如，EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究发现，部分干燥综合征患者在发病前有EB病毒感染的病史，病毒感染可能会改变人体的免疫状态，激活自身免疫反应，从而导致干燥综合征的发生。丙型肝炎病毒感染也与干燥综合征的发病存在一定关联，感染丙型肝炎病毒的人群中干燥综合征的发病率相对有所升高，病毒感染可能通过多种机制干扰免疫系统的正常功能，进而引发干燥综合征相关的症状。