灰指甲治疗需根据病情选择合适方法，一般外用药物治疗疗程较长，约3-6个月，而口服抗真菌药物治疗相对较快，但需注意药物副作用。
外用药物治疗
局部涂抹： 常用的有阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用。每周使用1-2次，坚持使用能抑制真菌生长。但要注意，涂抹时需先清洁病甲，且对于病情较严重的灰指甲，单独使用外用药物效果可能有限。封包治疗： 可先将病甲软化，比如用尿素软膏等进行封包，使病甲变软后再清除，然后配合外用抗真菌药物，能提高药物的吸收效果，但操作时要注意卫生，避免感染加重。
口服抗真菌药物治疗
常用药物： 如伊曲康唑，它是一种脂溶性药物，采用冲击疗法服用，即服用1周停药3周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。还有特比萘芬，每天服用一次，连续服用3个月左右，能有效抑制真菌的麦角固醇合成，从而达到杀灭真菌的目的。但口服药物有一定的副作用，可能会影响肝功能，所以在服药前和服药过程中需要定期检查肝功能。
手术拔甲治疗
适用情况： 对于单发的灰指甲，可考虑手术拔甲。不过手术创伤较大，术后恢复需要一定时间，而且术后容易复发，现在一般较少单独使用手术拔甲，多与外用或口服药物联合使用。术后要注意保持伤口清洁，防止感染，一般需要1-3个月的时间让新甲生长，但新甲可能会有一定的外观问题。
日常护理要点
保持足部干燥： 灰指甲患者要注意保持脚部干燥，避免长时间处于潮湿环境，因为真菌喜欢在潮湿环境中生长繁殖。每天洗脚后要及时擦干脚趾缝等部位，穿透气性好的鞋子和袜子，比如棉质袜子，能减少脚部的潮湿程度。避免交叉感染： 不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时自己的指甲刀等用品也要单独使用，避免在家庭内部造成交叉感染。如果有脚气等其他真菌感染性疾病，要同时进行治疗，以免灰指甲反复感染。