灰指甲根治需综合治疗，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法。外用药物治疗时，常用的有30%冰醋酸溶液，需要持续涂抹3~6个月，但见效相对较慢。口服药物方面，伊曲康唑胶囊是常用药物之一，采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用3~4个月，但肝功能异常者需慎用。
外用药物治疗
局部涂抹： 30%冰醋酸溶液是常见的外用药物，需要长期坚持涂抹，一般每天2~3次，持续3~6个月才能看到较好效果。不过，它的渗透力相对有限，对于较严重的灰指甲可能单独使用效果不佳。联合外用： 还可以配合阿莫罗芬搽剂，每周涂抹1~2次，它能在甲板形成药膜，持续释放药物抑制真菌。但使用时要注意从甲根部开始涂抹，保证药物覆盖整个病甲。
口服药物治疗
伊曲康唑： 采用冲击疗法，每次200mg，每天2次，每月服用一周，一般需要连续服用3~4个月。它能抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成。但服用期间需要定期检查肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 每天口服250mg，连续服用6~12周。它能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成。不过，有严重肝肾功能不全者要谨慎使用。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。但拔甲后创面恢复需要一定时间，大约1~2个月，而且拔甲后还需要配合药物治疗，防止复发。术后要注意保持创面清洁，避免感染。甲床修复： 如果灰指甲伴有严重甲床破坏，可能需要进行甲床修复手术，但这种情况相对较少见，一般是在其他治疗无效或病情非常严重时才会考虑。