肠功能紊乱的症状多样，常见的有腹痛，大约有50% - 70%的肠功能紊乱患者会出现不同程度的腹痛，疼痛部位不固定，一般在脐周等部位，疼痛性质多样，可为胀痛、隐痛等。
消化系统症状表现
腹胀： 患者常自觉腹部胀满，尤其在进食后更为明显，有的患者腹胀感可持续数小时甚至一整天。腹泻： 部分患者会出现腹泻症状，大便次数增多，每日可达3 - 5次甚至更多，大便多为稀糊状，有时也可为水样便，但一般无脓血。便秘： 与腹泻相反，有些患者会出现便秘情况，排便困难，大便干结，数天甚至一周才排便一次。
全身伴随症状
失眠： 肠功能紊乱可能会影响患者的睡眠，约有30% - 50%的患者会出现失眠症状，表现为入睡困难、多梦、易惊醒等。焦虑抑郁： 长期受肠功能紊乱困扰的患者，容易出现焦虑、抑郁等情绪问题，大约有20% - 30%的患者会有不同程度的焦虑或抑郁表现，出现情绪低落、对事物缺乏兴趣、烦躁不安等情况。
其他相关症状
食欲不振： 患者会感觉食欲下降，不想吃东西，食量较平时明显减少，长期可能会导致体重减轻。恶心呕吐： 少数患者会出现恶心，偶尔还会有呕吐现象，尤其是在进食不当时更容易诱发。