男性尿路感染常用的药物有喹诺酮类、头孢菌素类等。一般来说，喹诺酮类药物如左氧氟沙星等对尿路感染有较好疗效。
喹诺酮类药物：
氧氟沙星： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，对大肠杆菌等引起的尿路感染有效。但18岁以下人群禁用，因为可能影响骨骼发育。环丙沙星： 同样是喹诺酮类，对革兰阴性菌和革兰阳性菌均有较强抗菌活性，可用于治疗尿路感染，但也有可能引起胃肠道不适等不良反应，如恶心、呕吐等。
头孢菌素类药物：
头孢克肟： 是第三代口服头孢菌素，对多种细菌有抗菌作用，对尿路感染常见的病原菌有良好的抗菌活性。不过，对头孢菌素类抗生素过敏者禁用，使用前需要询问患者过敏史。头孢呋辛： 第二代头孢菌素，对革兰阳性球菌和部分革兰阴性杆菌有抗菌活性，可用于治疗男性尿路感染，使用时要注意可能出现的过敏反应，如皮疹等。
其他抗生素：
阿莫西林/克拉维酸钾： 阿莫西林属于青霉素类抗生素，克拉维酸钾可以增强阿莫西林的抗菌活性，对一些产酶的细菌也有作用，可用于治疗敏感菌引起的尿路感染，但对青霉素过敏者禁用。呋喃妥因： 主要作用于细菌体内的酶系统，干扰细菌糖代谢的早期阶段，从而起杀菌作用，对尿路感染常见的大肠埃希菌等有较好效果，不过，长期应用可能会引起周围神经炎等不良反应，孕妇晚期禁用。