男性尿路感染常用的药物有喹诺酮类、头孢菌素类等。一般来说，喹诺酮类药物如左氧氟沙星等对多数尿路感染有较好疗效，但具体用药需遵医嘱。
喹诺酮类药物
氧氟沙星： 属于喹诺酮类广谱抗菌药，通过抑制细菌DNA旋转酶发挥杀菌作用，对引起尿路感染的大肠埃希菌等常见致病菌有较好抗菌活性。不过，18岁以下未成年人通常不建议使用，因为可能影响骨骼发育。环丙沙星： 同样是喹诺酮类药物，对革兰阴性菌和革兰阳性菌均有作用，可用于治疗由敏感菌引起的男性尿路感染。但有中枢神经系统疾病史的患者需慎用，可能会诱发惊厥等不良反应。
头孢菌素类药物
头孢克洛： 是第二代口服头孢菌素，对多种细菌有抗菌活性，对于轻度至中度的男性尿路感染有一定疗效。常见的不良反应可能有胃肠道反应，如腹泻、恶心等，一般较为轻微。头孢呋辛酯： 为第二代头孢菌素类抗生素，口服后在体内水解为头孢呋辛发挥抗菌作用，能有效针对尿路感染常见病原体进行抗感染治疗。对头孢菌素类药物过敏者禁用该类药物。
其他抗菌药物
磷霉素氨丁三醇： 对于单纯性下尿路感染有一定治疗作用，服用方便，一次服药即可。但严重肾功能不全者需慎用，使用前应咨询医生评估肾功能情况。呋喃妥因： 主要用于治疗大肠埃希菌、肠球菌属等敏感菌引起的急性单纯性下尿路感染，也可用于预防尿路感染。不过，长期应用可能会引起周围神经炎等不良反应，用药时间一般不宜过长，需在医生指导下使用。