双肾多发结石的根治需依据结石大小与位置选择适宜方法，如药物治疗或碎石治疗等。
一、双肾多发结石体积较小：若双肾多发结石直径小于0.6厘米，且未引发尿路梗阻，也无显著疼痛等症状，可在医生指导下通过服用排石药物或碱化尿液进行治疗，像排石颗粒、金钱草颗粒等。排石颗粒主要成分包括连钱草、车前子、关木通等，能清热利水、通淋排石，常用于肾脏结石、输尿管结石等的治疗；金钱草颗粒主要成分为金钱草，具有清利湿热、通淋消肿的作用，可辅助治疗泌尿系统结石等。
二、双肾多发结石体积中等：要是双肾多发结石直径在1厘米左右，通常药物治疗效果欠佳，可考虑进行超声波体外碎石治疗，利用高能冲击波将结石击碎，以利于结石排出。
三、双肾多发结石体积较大：当双肾多发结石直径在2厘米以上时，需采用激光碎石的方法来处理，如经皮肾镜激光碎石手术。患者还可进行结石成分分析，同时在饮食方面做好调理，避免食用草酸、碳酸、嘌呤成分过高的食物，并且要多喝水勤排尿，这样有助于结石排出。
总之，对于双肾多发结石要根据具体情况选择合适的方法进行治疗，同时注意日常饮食和生活习惯，以促进结石的排出和预防复发。