前列腺小囊肿形成的原因较多，一般来说，先天性因素、炎症性因素、退行性变等都可能导致。先天性的前列腺小囊肿多是因为中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张而形成囊肿；炎症性因素里，慢性前列腺炎会使前列腺管发生阻塞，分泌物潴留从而形成囊肿；还有一种是退行性变引起的，随着年龄增长，前列腺腺泡上皮逐渐增厚，导致腺泡梗阻，内容物潴留就可能形成囊肿。
先天性因素相关情况
中肾导管发育异常：胚胎发育过程中，中肾导管如果出现异常的分化和融合情况，就可能导致部分管腔扩张形成囊肿。这种先天性的异常往往在胚胎时期就已存在一定的发育偏差。中肾旁管发育异常：中肾旁管的发育异常也可能参与前列腺小囊肿的形成，其异常的发育过程使得管腔部分扩张，进而形成囊肿结构。
炎症性因素相关情况
慢性前列腺炎影响：慢性前列腺炎患者，前列腺的炎症会持续刺激前列腺组织，使得前列腺管发生炎症性改变，出现水肿、狭窄等情况，从而导致分泌物排出受阻，逐渐潴留形成囊肿。炎症的存在是一个持续的过程，长期的炎症刺激是关键因素之一。炎症导致的阻塞机制：前列腺管在炎症作用下阻塞后，原本应该排出的分泌物无法正常排出，在管腔内越积越多，压力逐渐增大，最终就促使囊肿形成。
退行性变相关情况
年龄增长的影响：随着年龄的增长，前列腺组织会发生退行性变化，前列腺腺泡上皮逐渐增厚，这种增厚会导致腺泡梗阻，使得腺泡内的内容物难以排出，进而潴留形成囊肿。一般来说，中老年男性相对更易出现因退行性变导致的前列腺小囊肿。腺泡梗阻与潴留：腺泡梗阻后，内容物潴留是一个渐进的过程，开始可能只是少量潴留，随着时间推移和梗阻加重，潴留情况逐渐明显，最终形成可见的前列腺小囊肿。