前列腺小囊肿通常是前列腺腺管堵塞，分泌物潴留形成的，具体原因有以下几方面。首先是先天性因素，比如中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张就可能形成囊肿，这种情况在胚胎发育过程中就已存在。其次是后天性因素，前列腺腺泡不完全梗阻也会引发潴留性囊肿，常见于老年人，随着年龄增长，前列腺组织会发生一些变化，导致腺泡梗阻。另外，慢性前列腺炎也可能导致前列腺小囊肿，炎症会使前列腺腺管充血、水肿，长期炎症刺激逐步引起腺管堵塞，进而形成囊肿。
先天性因素相关情况
胚胎发育阶段影响：在胚胎发育时，中肾导管与中肾旁管的发育异常是关键。中肾导管如果部分扩张，就有可能形成囊肿；中肾旁管的某些发育情况异常也会参与其中。这种先天性的发育问题从胚胎时期就已存在，虽然出生时可能未立即表现，但后续随着身体发育可能逐渐显现出前列腺小囊肿的情况。
后天性腺泡梗阻导致
老年人常见情况：老年人随着年龄增加，前列腺组织会发生退行性改变。前列腺腺泡会逐渐出现不完全梗阻的状况，腺管内的分泌物不容易排出，长时间潴留就会形成囊肿。一般来说，50岁以上的老年人相对更易出现因腺泡梗阻导致的前列腺小囊肿。腺管充血水肿诱因：慢性前列腺炎患者，炎症会持续刺激前列腺，使得前列腺腺管处于充血、水肿的状态。长期的炎症刺激会让腺管逐步堵塞，管腔内的分泌物越积越多，最终形成囊肿。而且慢性前列腺炎病程较长，若不及时有效治疗，前列腺小囊肿发生的风险会增加。
其他可能相关因素
前列腺结构变化：前列腺自身的结构特点也可能与小囊肿形成有关。前列腺内部的腺管分布等结构如果出现异常，也可能导致局部分泌物潴留形成囊肿。不过这种情况相对比较少见，但也是前列腺小囊肿形成的潜在相关因素之一。个体差异影响：不同个体之间存在差异，有些人可能本身前列腺组织的代谢等方面有独特之处，这也可能使得他们更容易出现前列腺小囊肿。比如有些人的前列腺腺管对分泌物的排出调节能力相对较弱，就更易发生潴留形成囊肿。