临床上并没有甲沟炎肉芽祛除的最佳方法这一说法。甲沟炎主要是由细菌、真菌等病原体感染引发的炎症，会致使患者甲沟处长出肉芽。患者可通过药物、物理、手术等方式进行医治。
一、药物
1.若为细菌感染导致的甲沟炎，患者可在医生指导下使用阿奇霉素、罗红霉素等抗生素药物进行治疗，这样能促使肉芽消失。
2.要是真菌感染引起的甲沟炎，患者可遵医嘱使用伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物进行治疗，也能让肉芽消失。
二、物理
患者可以采用超短波、红外线等物理方法来治疗，这有助于肉芽消失，从而缓解患者的症状。
三、手术
如果患者的症状较为严重，通过药物、物理方法治疗没有效果，那么可以进行切开引流手术治疗。
建议患者保持患部皮肤的清洁，避免修剪指甲过短。患者需使用清水或刺激性较小的清洁用品来清洗手足，以防止感染。
总之，对于甲沟炎肉芽的处理，可根据具体情况选择合适的方法，同时要注意日常护理。