临床上不存在甲沟炎肉芽祛除的最佳方法这一说法。甲沟炎主要是由细菌、真菌等病原体感染引发的炎症，会致使甲沟处长出肉芽。对于甲沟炎患者而言，可采用药物、物理、手术等方式进行医治。
一、药物：
1.若甲沟炎由细菌感染导致，患者可在医生指导下运用阿奇霉素、罗红霉素等抗生素类药物进行治疗，这样有助于让肉芽消失。
2.要是甲沟炎由真菌感染引起，患者可遵医嘱使用伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物进行处理，能够使肉芽消退。
二、物理：患者可以选择超短波、红外线等物理手段来治疗，可促使肉芽不见，同时缓解患者的症状。
三、手术：倘若患者的症状较为严重，且药物、物理方法治疗均无效，那么可以实施切开引流手术进行医治。
建议患者要保持患部皮肤的清洁，避免修剪指甲过短。患者需用清水或刺激性较小的清洁用品来清洗手足，以防出现感染。
总结：对于甲沟炎患者，可根据具体情况选择药物、物理或手术方法来处理肉芽问题，同时要注意日常护理。