怀孕36周小腹底端疼，可能是以下原因引起：
1.假宫缩：怀孕36周时，子宫较为敏感，可能会出现不规则的宫缩，尤其在夜间更为常见，这是正常的生理现象，通常不会导致早产。孕妇应注意休息，避免过度劳累和性生活。
2.耻骨联合分离：随着孕周的增加，孕妇的身体会为分娩做准备，激素水平变化可能导致耻骨联合处的韧带松弛，引起耻骨联合分离，从而导致疼痛。这种疼痛通常在行走、站立或变换体位时加重，卧床休息时可缓解。孕妇可以使用骨盆带缓解疼痛，同时注意休息，避免长时间站立或行走。
3.入盆：怀孕36周时，胎儿可能会入盆，即胎儿的头部进入骨盆，这可能会压迫到耻骨联合和腹部，引起疼痛。入盆通常发生在分娩前1-2周，但也可能在孕期的任何时候发生。孕妇应注意休息，避免过度劳累和性生活。
4.其他：其他可能导致怀孕36周小腹底端疼的原因包括胎盘早剥、早产、泌尿系统感染等。如果疼痛持续不缓解、伴有阴道流血、破水、胎动异常等情况，应及时就医，进行详细的检查和诊断。
在孕期，孕妇应注意休息，避免过度劳累和性生活，保持良好的心态，注意个人卫生，定期进行产前检查，及时发现和处理问题。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常情况，应及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。