乙肝小三阳携带者实现转阴有一定难度，但也有部分人能实现。一般来说，乙肝小三阳自然转阴率较低，每年大约在1%-2%左右。
病毒本身特点影响转阴
乙肝小三阳是指乙肝五项检查中乙肝表面抗原、E抗体、核心抗体阳性。乙肝病毒是一种嗜肝DNA病毒，其基因组不易完全清除。病毒会整合到宿主肝细胞的基因组中，这使得彻底清除病毒较为困难。而且病毒存在多种变异类型，不同变异类型会影响机体免疫系统对病毒的识别和清除，从而影响转阴的可能性。
治疗方式对转阴的作用
定期监测很重要
乙肝小三阳携带者需要定期监测肝功能、乙肝病毒DNA定量、肝脏超声等指标。一般建议每3-6个月进行一次肝功能检查，每6-12个月进行乙肝病毒DNA定量和肝脏超声检查。通过定期监测，可以及时发现病情变化，当出现肝功能异常、乙肝病毒DNA定量升高时，可能需要进一步治疗干预，但监测本身虽不能直接使病毒转阴，但能为及时治疗提供依据。
抗病毒治疗情况
如果乙肝小三阳携带者符合抗病毒治疗指征，如乙肝病毒DNA定量持续高于2000IU/ml（不同检测方法参考值可能有差异），同时伴有肝功能异常或肝脏组织学明显病变等情况，需要进行抗病毒治疗。常用的抗病毒药物有恩替卡韦、替诺福韦等。抗病毒治疗可以抑制乙肝病毒的复制，在一定程度上有助于改善病情，但即使进行抗病毒治疗，完全转阴（乙肝表面抗原转阴）的概率也不是很高，尤其是e抗原阴性的乙肝小三阳患者，实现乙肝表面抗原转阴的比例相对较低，可能在5%-10%左右（不同研究数据有差异）。
自身免疫状态影响
机体的免疫状态对乙肝小三阳转阴起着关键作用。当机体免疫系统功能较强时，有可能识别并清除乙肝病毒。例如，部分免疫功能正常的年轻人，在感染乙肝病毒后，有一定的自身清除病毒的能力，可能会出现自然转阴的情况。但对于大多数人来说，自身免疫状态难以完全有效且持续地清除乙肝病毒。如果机体免疫功能低下，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，感染乙肝病毒后更难实现病毒转阴，而且病情往往更容易向重型肝炎等严重方向发展。