新生儿手指甲根部发黑可能有以下原因：
一、衣物脱色：如果家长给新生儿所穿深色衣物存在脱色情况，那么衣物颜色就可能停留在指甲根部，进而引起手指甲根部发黑。
二、受凉：主要是室内温度较低，致使新生儿手指皮肤受冷，导致手指部位血液循环显著减慢，从而出现手指根部发黑现象，同时还常伴有手指冰凉表现。
三、局部压迫：多因新生儿长时间保持一个体位，使得手指部位受压，致使末梢循环较差，于是出现手指甲根部发黑的情况。
此外，先天性心脏病也可能导致新生儿手指甲根部发黑，此时应前往医院完善相关检查，明确原因后再针对性地采取处理措施。
总结概况提示：新生儿手指甲根部发黑可能由多种因素引起，如衣物脱色、受凉、局部压迫等，也可能与先天性心脏病有关，需要仔细观察和进一步检查以明确原因。