肺部穿刺活检有一定危险性和并发症，但总体风险较低。一般来说，其严重并发症的发生率大约在1%~2%左右。
出血并发症
穿刺部位出血：在肺部穿刺活检过程中，可能会出现穿刺部位的少量出血，通常通过压迫等简单处理即可缓解。但也有少数情况会出现较明显的出血，需要进一步处理。胸腔内出血：较为严重的情况是可能导致胸腔内出血，若出血量较多，可能会引起胸闷、气短等症状，严重时需要进行胸腔闭式引流等治疗。
气胸并发症
少量气胸：肺部穿刺活检后较常见的是气胸，部分患者会出现少量气胸，可能没有明显症状，通常可自行吸收，一般观察1~2天即可。大量气胸：但也有少数人会出现大量气胸，此时患者会有明显的呼吸困难，需要及时进行胸腔穿刺抽气或胸腔闭式引流来缓解症状。
感染并发症
穿刺局部感染：肺部穿刺活检后有发生穿刺局部感染的可能，表现为穿刺部位红、肿、热、痛等症状，若发生感染，需要进行抗感染治疗。肺部感染扩散：极少数情况下，可能会导致肺部原有感染灶扩散等情况，但这种情况发生概率非常低。
其他少见并发症
空气栓塞：这是一种极少见但非常严重的并发症，在穿刺过程中，如果空气进入血管，可能会随着血液循环到达肺部或其他重要脏器，引起空气栓塞，严重危及生命，但发生概率极低。肿瘤种植转移：理论上存在肿瘤种植转移的极小风险，但目前随着穿刺技术的不断改进，这种风险已经被控制在极低的范围内。