肾盂肾炎的治疗药物选择需根据病情等因素决定，一般常用抗生素治疗，比如急性肾盂肾炎多选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素，像喹诺酮类药物，一般用药疗程通常需要10 - 14天左右。
抗生素的选择原则
非复杂性急性肾盂肾炎： 对于非复杂性急性肾盂肾炎，可选用喹诺酮类药物，如氧氟沙星等，这类药物能有效针对引起肾盂肾炎的常见细菌发挥作用；也可以选择半合成青霉素类，比如阿莫西林等，它们通过干扰细菌细胞壁的合成来达到杀菌目的。复杂性急性肾盂肾炎： 如果是复杂性急性肾盂肾炎，可能需要静脉用抗生素，常用的有氨苄西林/舒巴坦、头孢曲松等。氨苄西林/舒巴坦对多种革兰阴性菌有较好的抗菌活性；头孢曲松是第三代头孢菌素，抗菌谱广，对肾盂肾炎常见致病菌效果较好。
慢性肾盂肾炎的药物特点
慢性肾盂肾炎急性发作： 当慢性肾盂肾炎急性发作时，用药类似急性肾盂肾炎，但疗程可能需要适当延长。一般会根据药敏试验结果来调整抗生素，因为慢性肾盂肾炎可能存在细菌耐药情况，通过药敏试验能更精准地选择敏感抗生素。长期抑菌治疗： 对于反复发作者，可能需要长期小剂量抑菌治疗，常用药物有呋喃妥因等。呋喃妥因可以抑制细菌的酶系统，干扰细菌的糖代谢，从而起到抑菌作用，但长期使用时要注意可能出现的不良反应，如周围神经炎等。
特殊人群用药注意
孕妇： 孕妇患肾盂肾炎时用药需谨慎，要选择对胎儿影响小的抗生素，如头孢类抗生素，像头孢呋辛等，这类药物相对比较安全，对胎儿的不良影响较小，但也需要在医生的严格指导下使用。儿童： 儿童患肾盂肾炎时，用药要根据体重等情况调整剂量，一般会选用毒性相对较小的抗生素，如头孢克肟等，同时要密切观察用药后的反应，因为儿童的肝肾功能还未发育完全，对药物的代谢和耐受能力与成人不同。