小儿高烧39度反复发作的常见原因包括感染性因素和非感染性因素。当小儿出现这种情况时，需及时明确病因并予以治疗。
一、感染性因素：
1.这是导致反复高烧最常见的原因，通常为感染病毒、细菌、支原体、衣原体等。
(1)若出现反复高烧应就医检查引起感染的病原体。根据具体情况进行相应的抗感染治疗，如抗病毒、抗真菌等，同时可辅以物理方式降温。
(2)若是细菌感染引起的，可选择敏感的抗生素药物如头孢拉定、阿莫西林等进行抗感染治疗，同时应用退热药物如布洛芬、对乙酰氨基酚等，还可配合温水擦拭或冰敷等物理方式辅助降温。
(3)若是衣原体、支原体感染导致发热，则可选择大环内酯类抗生素如罗红霉素。
二、非感染性因素：
1.如川崎病、积食等也可能引起小儿反复高烧。
(1)当孩子高烧反复发作且持续时间超过三天，就应尽快就医查明原因，同时家长要注意孩子是否还有其他不适症状，如大小便异常、皮疹、关节红肿等。
(2)以川崎病为例，其会有发热症状，体温可达39～40℃，同时孩子身上会出现皮疹，易被误诊为感冒、麻疹或猩红热等。若误诊延误治疗时机，可能发展成小儿冠状动脉病变，这是成年后发生冠心病的潜在危险因素，所以要引起重视。在起病3～4天会出现无脓性分泌物，烧退后消散。还会有唇充血皲裂，口腔黏膜弥漫充血，舌乳头突起、充血呈草莓舌，以及手足硬性水肿和掌跖红斑，还可能在一周内出现多形性红斑和猩红热样皮疹。治疗目的是控制全身非特异性血管炎，防止冠状动脉损伤发生，通常采用静脉注射免疫球蛋白或丙种球蛋白、阿司匹林、皮质激素等药物进行治疗。
总之，小儿高烧39度反复发作原因较多，要及时明确并采取针对性的治疗措施，家长也要密切关注孩子的各种症状表现。