龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎，可使用莫匹罗星软膏等抗生素药膏，通常用药后数天内症状会有改善。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素： 对于细菌感染导致的龟头炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长。一般局部涂抹后，几天内炎症会逐渐减轻。但要注意，涂抹前需清洁龟头部位，保持局部干燥。口服抗生素： 如果感染较严重，可能需要口服抗生素，如头孢克洛等。不过口服抗生素需要在医生指导下使用，因为要考虑药物的适应证和可能的不良反应。
真菌感染性龟头炎用药
抗真菌药膏： 念珠菌感染引起的龟头炎需用抗真菌药物，像克霉唑乳膏。使用时要均匀涂抹在龟头患处，一般连续使用几周左右症状会缓解。在用药期间，要避免性生活，防止交叉感染。口服抗真菌药： 病情严重或反复发作的真菌感染性龟头炎，可能需要口服氟康唑等抗真菌药物，但口服药有一定的肝毒性风险，需定期监测肝功能。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物： 滴虫感染导致的龟头炎可使用甲硝唑。一般局部用甲硝唑溶液清洗龟头，同时口服甲硝唑片。口服甲硝唑时要注意可能出现胃肠道不适等不良反应，用药期间不要饮酒。
非感染性龟头炎用药
糖皮质激素类药膏： 例如氢化可的松乳膏，对于一些因过敏等非感染因素引起的龟头炎有一定疗效。但糖皮质激素药膏不能长期大面积使用，以免引起皮肤萎缩等不良反应，一般短期使用缓解症状。同时要积极寻找并避免过敏原。