胆管结石的最佳治疗方法需根据具体情况而定，一般来说，对于无症状的胆管结石，可先观察；有症状的胆管结石多需手术治疗。手术治疗中，内镜逆行胰胆管造影（ERCP）取石是一种常用方法，成功率较高。
手术治疗方式
腹腔镜胆管探查取石术： 这是比较常见的手术方式，通过腹腔镜在腹部打几个小孔进行操作，切开胆管取出结石。这种手术创伤相对较小，恢复较快。一般术后住院时间约1周左右。开腹胆管探查取石术： 对于一些复杂的胆管结石情况，可能需要开腹手术。不过现在这种手术应用相对腹腔镜手术少一些，但对于病情较复杂、腹腔镜手术难以处理的情况还是必要的。
内镜治疗方法
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管至胆管内，利用取石网篮等工具取出结石。这种方法适用于胆总管结石等情况，不需要开刀，创伤更小，但有一定的适应证范围。一般术后需要观察1 - 2天。内镜下乳头括约肌切开术（EST）： 在ERCP基础上，切开十二指肠乳头括约肌，便于取出结石。但这种方法可能会有一些并发症风险，如出血、胰腺炎等，需要严格掌握适应证。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸： 可以促进胆汁分泌，增加胆汁中胆固醇的溶解，对一些较小的胆固醇性胆管结石可能有一定的溶解作用，但一般需要长期服用，通常需要连续服用3 - 6个月甚至更长时间才能看到一定效果，而且对于较大的结石效果不佳。抗生素： 在胆管结石伴有胆管炎等情况时，需要使用抗生素来控制感染。常用的有头孢类抗生素等，根据感染的严重程度和细菌培养结果来选择合适的抗生素，一般需要使用5 - 10天左右，具体时间根据病情恢复情况而定。