大便有出血且肛门疼，应前往结直肠肛门外科或肛肠外科检查，以明确导致大便出血伴肛门疼痛的缘由，并依据不同疾病进行相应处理，常见疾病如下：
一、痔疮：
1.若痔疮出血并伴有肛门疼痛，可运用痔疮膏和痔疮栓进行医治，例如马应龙痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏、复方角菜酸酯栓等。
2.针对痔疮出血，还可口服地奥司明、迈之灵以减轻静脉曲张和水肿，进而降低出血情况。
二、肛裂：
若为陈旧性肛裂，则可能需要进行手术治疗。
三、肛门肌肉问题：
1.若肛门肌肉存在痉挛或失弛缓的状况，或许需要在肛门周围进行肉毒素注射或进行肛门解痉治疗。
四、肿瘤：
1.直肠和肛门的肿瘤，如直肠下端的直肠癌或肛管癌等，可能需要手术治疗。
2.若肿瘤处于晚期无法手术，则可能需要放疗或化疗等。
五、脓肿：
直肠壁内脓肿、肛门周围脓肿引发的破溃、出血，此时可能也需要进行手术、引流等治疗。
总之，当出现大便出血伴肛门疼痛时，应及时就医明确诊断，然后根据具体疾病采取合适的治疗措施。