扁平苔藓的治疗方法需根据病情轻重等情况选择，一般可通过局部治疗、全身治疗等方式来改善。比如局部治疗中，对于口腔扁平苔藓，可使用糖皮质激素软膏等药物。
局部药物治疗
糖皮质激素软膏： 如氢化可的松软膏等，可直接涂抹在患处，能减轻炎症反应，缓解瘙痒等症状。一般局部涂抹，能在一定程度上改善扁平苔藓引起的口腔黏膜或皮肤损害。维A酸制剂： 像维A酸乳膏等，可用于皮肤扁平苔藓的治疗，能调节上皮细胞的生长和分化，对改善皮损有一定作用，但使用时要注意可能出现局部刺激等不良反应。
全身药物治疗
免疫抑制剂： 例如硫唑嘌呤，可用于病情较为严重的扁平苔藓患者，通过抑制免疫系统来控制病情发展，但这类药物可能会有一些副作用，如抑制骨髓造血功能等，使用时需密切监测血常规等指标。抗疟药： 羟氯喹是常用的抗疟药，对部分扁平苔藓患者有效，能减轻皮肤和黏膜的损害，但要注意长期使用可能对眼部等有影响，需定期进行眼部检查。
物理治疗
激光治疗： 对于局限性的皮肤扁平苔藓，可采用激光治疗，利用激光的能量破坏病变组织，达到改善症状的目的。不过激光治疗后要注意局部护理，避免感染等情况发生。紫外线照射： 窄谱中波紫外线（NB-UVB）照射对某些扁平苔藓有一定疗效，通过紫外线的作用调节免疫等，但治疗需要按疗程进行，且要注意照射剂量等问题。
中医中药治疗
中药内服： 根据患者的病情辨证论治，如属于阴虚火旺型的扁平苔藓患者，可能会使用滋阴降火的中药方剂进行调理。中医治疗注重整体调理，但具体的方剂和用药需由专业中医师根据个体情况制定。中药外洗： 一些中药外洗方也可用于扁平苔藓的辅助治疗，比如用苦参、黄柏等中药煎水外洗患处，能起到一定的清热燥湿等作用，缓解局部的不适症状。