益母草颗粒在正常使用情况下一般副作用较少，但也可能存在个体差异。不过如果不合理使用，可能出现一些问题。
可能出现的胃肠道反应
部分人服用益母草颗粒后可能出现胃肠道不适，比如服药后觉得胃部有不适感，像轻度的胃痛、恶心等情况。这是因为药物对胃肠道黏膜可能有一定刺激，尤其是本身胃肠道比较敏感的人更容易出现。
对月经的影响需注意
对于月经不调的女性，在服用益母草颗粒时要留意月经情况。如果本身月经量较多的女性服用，可能会导致经量进一步增多，经期延长。而月经量过少的人，如果不对症服用，可能达不到预期效果。另外，怀孕的女性服用益母草颗粒可能会引发宫缩，导致流产等不良后果，所以孕妇绝对禁止服用益母草颗粒。
与其他药物的相互作用风险
当益母草颗粒与其他药物同时服用时，存在相互作用的风险。比如与抗凝药或抗血小板药同时用，可能会增加出血的风险。因为益母草颗粒有一定的活血化瘀作用，和这类药物一起用，会干扰正常的凝血功能，增加皮下出血、消化道出血等风险。所以在服用其他药物期间，如需服用益母草颗粒，一定要先咨询医生，让医生评估药物相互作用的可能性。
过敏反应的可能
个别人群可能对益母草颗粒中的成分过敏，服用后会出现过敏症状，像皮肤瘙痒、起皮疹，严重的可能会出现呼吸困难等过敏反应。如果服用后发现皮肤有异常皮疹或者感觉呼吸不畅等，应立即停药并就医。