益母草颗粒在临床上应用较广，但也可能存在一些副作用。一般来说，正常使用情况下副作用相对较少，但部分人群可能出现胃肠道不适，比如约5% - 10%的人服用后可能出现恶心、呕吐等症状。
胃肠道方面的副作用
胃肠道不适表现：部分人服用益母草颗粒后会出现胃肠道反应，像恶心较为常见，有的患者服用后感觉胃部有不适感，好像有东西往上涌；呕吐也可能发生，个别人服用后会出现呕吐现象，不过通常程度较轻。特殊人群注意：对于本身胃肠道功能较弱的人，比如有慢性胃炎的患者，服用益母草颗粒后胃肠道不适的概率可能相对更高一些，这类人群在服药时需要多留意自身胃肠道的反应。
对月经相关的影响
月经量变化：个别女性在服用益母草颗粒后可能出现月经量过多的情况，正常月经量一般是20 - 60毫升，若服用后月经量超过80毫升，就属于月经量过多了，需要引起重视。月经周期改变：少数人服用后可能出现月经周期的波动，比如本应按时来月经的时间，可能会提前或者推迟，不过这种情况相对较少见。
过敏方面的副作用
过敏表现：极个别人可能对益母草颗粒中的成分过敏，会出现皮肤瘙痒的症状，皮肤表面可能会起红疹；严重的可能会出现呼吸困难等过敏反应，但这种情况发生的概率非常低，不足1%。过敏体质者需谨慎：本身是过敏体质的人，在服用益母草颗粒前需要格外小心，服用过程中要密切观察自身是否有过敏相关的症状出现，如果出现皮肤瘙痒、皮疹等异常，应立即停药并及时就医。