治疗灰指甲的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用药物疗程较长，可能需要数月，而口服药物相对见效更快，但需要注意其可能存在的副作用。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂： 每周使用1-2次即可。它能在指甲表面形成药膜，抑制真菌生长。使用时需先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上。不过，对于比较严重的灰指甲，单独使用阿莫罗芬搽剂效果可能有限。环吡酮胺乳膏： 局部涂抹于病甲周围皮肤，一天1-2次。它通过改变真菌细胞膜的完整性，来影响真菌的代谢。但外用药物的渗透力相对较弱，对于深层感染的真菌可能难以完全杀灭。
口服抗真菌药物
伊曲康唑胶囊： 采用冲击疗法，即连续服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。它能抑制真菌细胞色素P450酶，干扰真菌麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。不过，肝功能不全者需要慎用，使用前需检查肝功能。特比萘芬片： 每天服用一次，一般疗程为6-12周。它主要是抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。但同样，肝肾功能不全者要谨慎使用，且用药过程中需定期监测肝肾功能。
其他辅助药物
尿素软膏： 在软化病甲方面有一定作用。可以先使用尿素软膏封包病甲，使病甲软化、变脆，便于后续清除病甲和使用抗真菌药物。但使用尿素软膏时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。水杨酸软膏： 也有软化角质的作用，有助于去除病甲表面的增厚角质。使用时要控制浓度和时间，防止对正常皮肤造成过度刺激。