三岁小孩早上起来口臭，原因包括进食刺激性食物、口腔卫生不佳、牙周脓肿等。具体如下：
一、进食刺激性食物：像洋葱、大蒜这类刺激性食物，如果食用后，其残渣被大量细菌分解，就可能导致早上起来出现口臭现象。比如洋葱中含有含硫化合物，在食用后会有一部分残留口腔，经细菌作用便容易产生异味。
二、口腔卫生不佳：舌背表面积较大，存在诸多乳头、裂缝和凹陷，这有利于细菌、口腔粘膜脱落上皮以及食物残渣滞留，堪称一个“细菌储藏室”。细菌会对食物残渣中的有机成分进行分解，进而产生大量挥发性硫化物，从而引起早上起来口臭。其中，食物残渣可为细菌提供营养物质，促使其滋生繁殖，而口腔粘膜脱落上皮也会成为细菌的寄居之所。
三、牙周脓肿：主要由金黄色葡萄球菌感染合并牙周致病菌感染引起牙周脓肿和牙周袋溢脓，也会发出异味。随着炎症的发展，细菌大量繁殖，对唾液、龈沟液以及食物残渣中的有机成分进行分解，产生大量挥发性硫化物、吲哚等物质，所以会出现早上起来口臭的情况。这些细菌在牙周环境中不断繁衍和活动，其代谢产物是异味产生的重要来源。
总之，三岁小孩早上起来口臭可能是由多种原因造成的，需针对具体情况进行分析和处理。