乳头凹陷主要是由多种因素造成的。一般来说，先天性发育异常是常见原因之一，约有20%左右的女性存在一定程度的乳头发育不良相关问题，进而导致乳头凹陷。
先天性发育因素
乳腺导管短缩： 在胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，导致导管短缩，牵拉乳头，使得乳头不能正常突出，这是先天性乳头凹陷的常见原因之一。比如部分女性从出生起就存在乳腺导管发育异常的情况，随着身体发育，乳头就会逐渐凹陷。乳头平滑肌发育不良： 乳头内的平滑肌发育不良，会影响乳头正常的伸展功能，使得乳头无法正常凸起，从而出现凹陷状况。这种情况也是先天性因素导致乳头凹陷的重要方面。
疾病相关因素
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能引发乳头凹陷，像乳腺癌就可能出现这种情况。当乳腺癌细胞侵犯乳腺导管及周围组织时，会导致导管挛缩，进而牵拉乳头使其凹陷。不过这种情况相对较少见，但一旦发生需引起重视。炎症性疾病： 乳腺部位的炎症性疾病，比如乳腺炎，在病情恢复过程中可能会形成瘢痕组织，瘢痕组织的收缩作用可能会牵拉乳头，导致乳头凹陷。例如慢性乳腺炎患者，由于炎症反复刺激，可能出现乳头凹陷现象。
后天因素影响
穿着不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳头造成压迫，影响乳头的正常发育，时间长了就容易导致乳头凹陷。特别是青春期女性，如果过早穿戴过于紧身的内衣，就可能影响乳头的正常凸起。外伤： 乳房部位受到外伤后，如果没有得到妥善处理，导致局部组织损伤、瘢痕形成，也可能影响乳头的正常形态，引发乳头凹陷。比如乳房受到撞击等外伤后，恢复过程中可能出现乳头凹陷情况。