乳头凹陷主要有先天性和后天性两种原因。先天性乳头凹陷多与乳房发育异常有关，一般在青春期乳房发育时就可能出现，据统计，约有2%的女性存在先天性乳头凹陷情况。
先天性因素：
胚胎发育异常： 在胚胎时期，乳头周围的乳腺组织发育如果出现异常，就可能导致乳头不能正常突出。例如，胚胎发育到一定阶段时，乳头下方的纤维结缔组织、平滑肌等发育不完善，就会影响乳头的正常突出。遗传因素： 如果家族中有乳头凹陷的遗传倾向，那么后代出现乳头凹陷的概率会相对增加。这种遗传因素可能通过基因传递，使乳房发育相关的结构和功能出现异常，从而引发乳头凹陷。
后天性因素：
乳腺疾病影响： 某些乳腺疾病也可能导致乳头凹陷。比如乳腺肿瘤，当乳房内的肿瘤生长到一定程度，侵犯周围的乳腺组织、韧带等结构时，就可能牵拉乳头，导致乳头凹陷。像乳腺癌，随着肿瘤的发展，可能会使乳头下方的组织受到侵犯和粘连，进而引起乳头凹陷。手术创伤： 乳房部位的手术，如乳腺肿瘤切除术等，如果手术操作涉及乳头周围组织，术后可能因为瘢痕组织形成、挛缩等原因导致乳头凹陷。例如，手术中对乳头周围的组织造成损伤，愈合过程中形成的瘢痕收缩，就可能牵拉乳头使其凹陷。炎症感染： 乳房部位的炎症感染，如乳腺炎等，如果没有得到及时有效的治疗，炎症长期刺激乳头周围组织，也可能导致乳头凹陷。炎症可能引起组织的粘连、纤维组织增生等，从而影响乳头的正常形态，导致乳头凹陷。