肛门湿疹的引起原因较多，通常与过敏、局部刺激等因素相关。比如，约20%的人群可能因接触某些过敏原而引发肛门湿疹。
过敏因素相关
接触性过敏： 皮肤接触某些物质可引发过敏反应导致肛门湿疹，像化纤材质的内裤、某些洗涤剂等都可能成为过敏原。如果穿着化纤内裤，其材质可能会持续刺激肛门周围皮肤，引发过敏，出现瘙痒、皮疹等湿疹症状。食物过敏： 食用某些食物也可能诱发肛门湿疹，例如鱼虾、蛋类、牛奶等。有些人对鱼虾中的蛋白质过敏，进食后可能通过血液循环影响到肛门周围皮肤，导致湿疹发生。
局部刺激相关
分泌物刺激： 肛瘘、痔疮、直肠脱垂等疾病导致肛门分泌物增多，长期刺激肛门皮肤，就容易引发湿疹。比如肛瘘患者，瘘管不断流出脓性、血性分泌物，持续刺激肛门周围皮肤，时间一长就可能引发湿疹。摩擦刺激： 过度搔抓、穿紧身不透气的裤子等会对肛门皮肤产生摩擦刺激，从而诱发肛门湿疹。长时间久坐且裤子不透气，加上局部摩擦，会使肛门周围皮肤处于潮湿、摩擦的环境中，增加湿疹发生的风险。
疾病因素相关
消化系统疾病： 消化不良、肠道寄生虫病、胃肠功能紊乱等消化系统疾病，可能影响身体的整体状况，进而诱发肛门湿疹。例如肠道寄生虫病患者，虫体代谢产物等可能引起机体的过敏反应，波及肛门周围皮肤引发湿疹。内分泌及代谢疾病： 糖尿病患者由于血糖升高，皮肤含糖量增加，有利于霉菌生长繁殖，容易并发肛门湿疹；甲状腺功能亢进等内分泌疾病也可能通过影响身体的代谢等功能，增加肛门湿疹的发病几率。