手背上有扁平疣可选择如下方法治疗：
一、局部涂抹药物：手背上扁平疣通常由人乳头瘤病毒感染引起。可遵医嘱使用药物治疗，如维A酸软膏、他扎罗汀软膏等。维A酸软膏可调节表皮细胞的有丝分裂和表皮细胞的更新，促使病变皮肤的角质层细胞疏松、脱落，进而发挥去除扁平疣的作用；他扎罗汀软膏能诱导表皮增生，使颗粒层和棘层增厚，也有助于扁平疣的改善。
二、激光：若扁平疣较为严重，可采用激光治疗。激光主要是利用其产生的高能量，通过烧灼的方式使疣体坏死并脱落，以此来达到较好的治疗扁平疣的效果。
三、冷冻：冷冻是借助液态氮使疣体坏死和脱落，从而能有效消除手背上的扁平疣。
平时要注意保持局部卫生清洁，饮食上尽量避免食用生葱、辣椒等刺激性食物。总之，对于手背上的扁平疣，可根据具体情况选择合适的治疗方法，并做好日常护理。