治脑血栓的药物主要有溶栓药物、抗血小板聚集药物、神经保护类药物等。一般来说，发病4.5小时内符合溶栓指征的患者，使用阿替普酶等溶栓药物可能有较好效果。
溶栓药物：
阿替普酶： 是常用的溶栓药，能激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓，不过要在发病4.5小时内使用，且需严格评估患者情况，看是否符合溶栓的适应证和禁忌证。尿激酶： 也可用于溶栓，能直接激活纤溶酶原，使纤维蛋白降解，从而达到溶解血栓的目的，使用时间窗相对阿替普酶稍宽一些，但也有严格的时间限制。
抗血小板聚集药物：
阿司匹林： 是常用的抗血小板药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集，一般建议脑血栓患者长期小剂量服用，能降低复发风险，但有胃肠道出血等病史的患者要慎用。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，作用机制与阿司匹林不同，可用于不能耐受阿司匹林的患者，或者与阿司匹林联合用于一些急性缺血性脑卒中的治疗，但同样要注意出血等不良反应的发生。
神经保护类药物：
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，可用于改善急性脑梗死患者的神经功能缺损，一般通过静脉给药，在发病后尽早使用效果可能更好。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，对脑血栓导致的神经功能障碍有一定的改善作用，能帮助受损的神经细胞恢复。
改善脑循环药物：
丁苯酞： 能改善脑缺血区的微循环和血流量，促进脑血管新生，从而改善脑缺血区域的供血，对脑血栓患者的神经功能缺损有一定的改善作用，一般需要在发病早期使用。银杏叶提取物： 具有扩张脑血管、增加脑血流量、改善微循环等作用，可辅助治疗脑血栓，能在一定程度上改善患者的脑部血液循环状况。