细菌性阴炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，阴道内乳杆菌减少，加德纳菌及厌氧菌等增加所致。大约10%-40%的细菌性阴炎是由阴道加德纳菌引起的。
阴道菌群失衡引发
正常情况下，阴道内有多种菌群保持平衡。当局部环境改变，比如长期使用抗生素，会抑制乳杆菌生长，破坏菌群平衡，使得其他病菌大量繁殖，容易引发细菌性阴炎。还有过度清洁阴道，频繁冲洗阴道会破坏阴道的酸性环境，也可能导致菌群失调，增加患病风险。
性行为相关因素
有多个性伴侣或者新的性伴侣，会增加细菌性阴炎的发生几率。因为不同性伴侣带来的病菌可能打破阴道原有的菌群平衡。另外，女性经期卫生不良，比如使用不透气的卫生用品，经血滋生细菌，也可能引发细菌性阴炎。
其他潜在影响因素
一些全身性疾病也可能间接影响阴道菌群。比如糖尿病患者，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，糖尿病患者患细菌性阴炎的概率比正常人高。还有，穿着紧身不透气的内裤，会使阴道局部温度和湿度升高，为细菌滋生创造条件，增加患细菌性阴炎的可能性。