肛瘘主要通过手术治疗，目前常用的手术方式有肛瘘切开术、肛瘘挂线术等。一般来说，手术是根治肛瘘的主要方法，其中肛瘘挂线术大约需要1~2周伤口逐渐愈合。
肛瘘切开术
适用情况： 对于低位单纯性肛瘘，可采用肛瘘切开术，直接将瘘管切开，使其敞开，依靠肉芽组织生长来愈合创面。注意事项： 术后要保持创面清洁，定期换药，一般每天或隔天需要换药一次，以促进创面愈合。
肛瘘挂线术
原理： 利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘。恢复时间： 通常挂线后10~14天左右橡皮筋会脱落，之后还需要继续换药促进愈合，整个恢复过程大概需要2~4周。
非手术治疗辅助
药物坐浴： 可使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1~2次，每次15~20分钟，能起到清洁创面、促进血液循环、缓解疼痛的作用。抗感染药物： 当肛瘘出现感染、红肿疼痛时，可能需要使用抗生素，如头孢类抗生素等，但这只是辅助治疗，不能替代手术。不过对于一些身体条件不允许立即手术的患者，可短期使用来控制炎症。