治扁平疣较好的药膏有多种，其中维A酸类药膏较为常用，比如0.1%维A酸乳膏，一般需连续使用数周甚至数月才能见到效果。
维A酸类药膏：
0.1%维A酸乳膏： 通过调节表皮细胞的增殖和分化，促进扁平疣角质剥脱，从而达到治疗作用，但使用时可能会有局部刺激，如红肿、脱屑等，一般建议晚上睡前少量涂抹于患处。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与0.1%维A酸乳膏类似，起效相对较快，同样可能引起局部刺激反应，使用时要避免接触正常皮肤。
抗病毒类药膏：
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能发挥抗病毒作用，抑制病毒的复制，从而帮助消除扁平疣。使用时需注意保持患处清洁干燥，涂抹后轻轻按摩至吸收。咪喹莫特乳膏： 能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和免疫调节作用来治疗扁平疣，但部分人使用后可能出现局部红斑、瘙痒、糜烂等不良反应。
水杨酸类药膏：
水杨酸软膏： 具有角质松解作用，可促使扁平疣角质层脱落，从而达到治疗目的。使用时要注意控制用量和范围，避免大面积长期使用导致皮肤过度刺激。一般每周使用1-2次，涂抹后轻轻擦拭均匀。需要注意的是，每个人的病情不同，对药物的反应也不一样。而且在使用这些药膏治疗扁平疣时，要在医生的指导下进行，同时要注意观察皮肤的反应，如果出现严重的不适或过敏等情况，应及时停药并就医。另外，对于一些病情较顽固、皮疹较多的患者，可能还需要结合其他治疗方法，如冷冻、激光等。