治扁平疣并没有绝对最好的药膏，常用的有维A酸类药膏、抗病毒类药膏等。一般维A酸类药膏中，0.1%维A酸乳膏较为常用，它可以调节细胞分化，但可能需要数周甚至数月才能见效。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏： 通过促进表皮细胞更新，调节表皮细胞增殖和分化，使扁平疣疣体逐渐消退。不过，使用后可能会有局部刺激症状，如红肿、脱屑等，所以敏感肌肤人群要谨慎使用。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与0.1%维A酸乳膏类似，能改善扁平疣症状，但使用时也需注意可能出现的皮肤刺激反应，一般建议在晚上睡前使用。
抗病毒类药膏
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能发挥抗病毒作用，抑制病毒复制，从而帮助消除扁平疣。不过，使用后可能会有局部轻度瘙痒、灼痛等不良反应，一般需要连续使用数周。咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和调节免疫的作用来治疗扁平疣。但部分人使用后可能会出现局部红斑、糜烂等反应，孕妇要禁用。
其他外用药物
水杨酸制剂： 如水杨酸软膏，它可以通过角质剥脱作用来改善扁平疣情况。不过，使用时要注意避免接触正常皮肤，以免造成刺激。一般需要持续使用一段时间才能看到效果。氟尿嘧啶软膏： 有一定的抗病毒和抑制细胞增殖作用，但因为可能会引起色素沉着等不良反应，所以面部使用要特别谨慎。