眼部扁平疣的去除方法包括物理治疗、药物治疗以及手术治疗。
一、物理治疗：眼部扁平疣大多由HPV感染引发，这是常见的病毒性皮肤病，可通过直接或间接接触进行传播。可运用激光或者冷冻等物理手段，其原理是将皮损剥脱从而实现去除的目的。比如激光治疗，它能精准地作用于疣体，通过高热量使其气化、炭化，进而有效去除扁平疣；冷冻治疗则是利用低温使疣体组织坏死、脱落。
二、药物治疗：要依据医生的指导使用相关药物，如水杨酸软膏、维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等。水杨酸软膏可以软化角质，促进疣体的脱落；维A酸乳膏能调节表皮细胞的增殖和分化，对扁平疣有一定的疗效；他扎罗汀凝胶能抑制角质形成细胞的异常增生和分化，有助于扁平疣的消退。
三、手术治疗：要是病情较为严重，可采取手术切除的方式进行治疗，以此达到治愈的效果。
在治疗期间一定要注意眼部的清洁和卫生，避免发生继发感染，并且要按照规定定期到医院进行复查，以便及时了解病情的变化和治疗效果。
总结：眼部扁平疣有多种去除方法，需根据具体病情选择合适的方式，同时治疗期间要做好眼部护理和复查。